Organizacija i struktura ARPA-e opisane su i navedene u Pravilniku o organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta te Pravilniku o izmjenama Pravilnika o organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta.
Za obavljanje poslova iz djelokruga Agencije ustrojavaju se sljedeće ustrojstvene jedinice:
1. Ured ravnatelja
2. Sektor za upravljanje horizontalnim procesima
2.1. Služba za provedbu tehničkih pomoći i reviziju financijskih mehanizama
2.2. Služba za podršku procesima revizije
2.2.1. Odjel za metodologiju
2.2.2. Odjel za pravnu analizu
2.2.3. Odjel za reviziju Mehanizma za oporavak i otpornost
2.3. Služba za financije i računovodstvo
3. Sektor za reviziju strukturnih instrumenata
3.1. Služba za reviziju europskih fondova za azil, migracije, integraciju i unutarnju sigurnost
3.2. Služba za reviziju Europskog fonda za regionalni razvoj i Kohezijskog fonda
3.2.1. Odjel za reviziju sustava i reviziju računa
3.2.2. Odjel za reviziju operacija
3.2.3. Odjel za reviziju financijskih instrumenata (FI)
3.2.4. Odjel za reviziju integriranih teritorijalnih ulaganja (ITU)
3.3. Služba za reviziju programa Europske teritorijalne suradnje
3.3.1. Odjel za reviziju sustava i reviziju računa
3.3.2. Odjel za reviziju operacija
3.4. Služba za reviziju Europskog socijalnog fonda
3.4.1. Odjel za reviziju sustava
3.4.2. Odjel za reviziju operacija
3.4.3. Odjel za reviziju računa
4. Sektor za reviziju ribarskog i poljoprivrednih fondova
4.1. Služba za reviziju Europskog poljoprivrednog fonda za ruralni razvoj
4.1.1. Odjel za reviziju IAKS mjera
4.1.2. Odjel za reviziju ne IAKS mjera
4.2. Služba za reviziju Europskog fonda za jamstva u poljoprivredi
4.2.1. Odjel za reviziju IAKS mjera
4.2.2. Odjel za reviziju ne IAKS mjera
4.3. Služba za reviziju Europskog fonda za pomorstvo i ribarstvo