Financiranje Agencije za reviziju sustava provedbe programa Europske unije definirano je Državnim proračunom Republike Hrvatske, i to kako je slijedom objavljeno u Narodnim novinama:
- NN br. 139 od 15. 12. 2012.
- NN br. 145 od 06. 12. 2013.
- NN br. 152 od 17. 12. 2013.
- NN br. 148 od 15.12. 2014.
- NN br. 26 od 24. 03. 2016.
- NN br. 119 od 20. 12. 2016.
- NN br. 124 od 13. 12. 2017.
- NN br. 113 od 17. 12. 2018.
- NN br. 117 od 02. 12. 2019.
- NN br. 135 od 08. 12. 2020.
- NN br. 140 od 21. 12. 2021.
Sredstva za rad osiguravaju se u državnom proračunu Republike Hrvatske, no s obzirom da je ARPA horizontalno tijelo u sustavu EU fondova, imamo pravo korištenja sredstava iz različitih tehničkih pomoći u okviru nekoliko operativnih programa Europske unije. Tako se rad službi u ARPA-i sufinancira kako slijedi:
1) rad Službe za reviziju europskih fondova za azil, migracije, integraciju i unutarnju sigurnost sufinancira se iz tehničke pomoći:
- Fonda za azil, migracije i integraciju (AMIF)
- Fonda za unutarnju sigurnost (ISF) - podijeljenog na dvije komponente:
- Instrument financijske potpore za vanjske granice i vize
- Instrument za financijsku potporu policijskoj suradnji, sprječavanju i suzbijanju kriminala i upravljanju kriznim situacijama
Odobrena sredstva za TP "Fonda za azil, migracije i integraciju i Fonda za unutarnju sigurnost" iznose 1.075.000,00 EUR.
2) rad službe za reviziju Europskog fonda za regionalni razvoj i Kohezijskog fonda sufinancira se iz tehničke pomoći:
- Operativnog programa Konkurentnost i kohezija
3) rad Službe za reviziju programa Europske teritorijalne suradnje sufinancira se iz tehničke pomoći:
- Operativnog programa prekogranične suradnje Slovenija – Hrvatska 2014.-2020.
- Operativnog programa (IPA) prekogranične suradnje Hrvatska – Srbija 2014.-2020.
- Operativnog programa (IPA) prekogranične suradnje Hrvatska – Bosna i Herecegovina – Crna Gora 2014.-2020.
- Operativnog programa prekogranične suradnje Italija - Hrvatska 2014. - 2020.
4) rad Službe za reviziju Europskog socijalnog fonda sufinancira se iz tehničke pomoći u omjerima 85% iz OP-a ULJP i 15% iz OP-a za hranu i/ili osnovnu materijalnu pomoć:
- Operativnog programa Učinkoviti ljudski potencijali 2014.-2020.
- Operativnog programa za hranu i/ili osnovnu materijalnu pomoć za razdoblje 2014.-2020.
Ukupni iznos dodijeljenih sredstava za razdoblje provedbe projekta 1.1.2016.-31.12.2018., bio je 910.000,00 HRK. Nakon produljenja provedbe projekta do 31.12.2020., zatražena su dodatna sredstva te je ukupno odobreni iznos 1.736.350,00 HRK. Odobrenim se sredstvima sufinanciraju sljedeći elementi projekta: 1) Plaće, 2) Stručno usavršavanje za jačanje kapaciteta potrebnih za provedbu operacije, 3) IT oprema (podrška, nabava, usluge), usluge revizije; 4) Službena putovanja i 5) Najam prostora.
5) rad Službe za reviziju Europskog fonda za pomorstvo i ribarstvo sufinancira se iz tehničke pomoći:
- Operativnog programa za pomorstvo i ribarstvo Republike Hrvatske za programsko razdoblje 2014.-2020.
Odobrena sredstva za TP "Pomorstvo i ribarstvo" za 2016. godinu iznose 776.000,00 HRK, a za 2017. godinu iznose 1.009.000,00 HRK.