Prema odredbama Zakona o PIFC, Središnja harmonizacijska jedinica Ministarstva financija nadležna je za koordinaciju uspostave i razvoja sustava unutarnjih financijskih kontrola u javnom sektoru, odnosno njegovih dviju komponenti financijskog upravljanja i kontrola te unutarnje revizije.
Sukladno tome SHJ , zadužena je za:
- izradu metodologije i standarda rada financijskog upravljanja i kontrola te unutarnje revizije
- organiziranje izobrazbe osoba odgovornih i uključenih u financijsko upravljanje i kontrole te unutarnju reviziju
- provjeru kvalitete sustava financijskog upravljanja i kontrole te unutarnje revizije s ciljem odgovarajućeg praćenja provedbe preporuka i njihova usklađenja kod korisnika proračuna na koje se Zakon odnosi, a u svrhu prikupljanja informacija za poboljšanje metodologije i standarda rada
U skladu s nadležnostima, SHJ aktivno treba biti uključena i pratiti odnose koje se razvijaju između unutarnje revizije i Agencije u okviru sustava predpristupnih fondova, odnosno svojom koordinacijskom ulogom doprinijeti razvoju ove suradnje.
Aktivna uključenost SHJ prije svega podrazumijeva:
- razvoj metodologije rada osobito u području revizija sustava EU fondova,
- organizacija dodatnih izobrazbi za unutarnje revizore u području revizije EU fondova, organizacija radionica između unutarnjih revizora i revizora iz Agencije i slično
- temeljem informacija o provjeri kvalitete rada unutarnje revizije poboljšati područja u kojima su uočene slabosti kako bi se osiguralo da se poboljša kvaliteta rada unutarnje revizije i stvaraju dobre osnove da se vanjska revizija može koristiti radom unutarnje revizije
- pratiti poboljšanja financijskog upravljanja i kontrola u sustavu EU fondova koja su rezultat preporuka od strane revizora, bilo vanjskih bilo unutarnjih te sukladno tome unaprijediti metodologiju i standarda rada financijskog upravljanja i kontrola
Realizacija prethodno navedenih aktivnosti podrazumijeva aktivnu suradnju SHJ i sa unutarnjim revizorima i s Agencijom.