U svom radu ARPA surađuje s brojnim tijelima u sustavu upravljanja programima EU i šire. Posebice se ističe suradnja ARPA-e s Upravom za harmonizaciju unutarnje revizije i financijske kontrole (dalje u tekstu: Središnjom harmonizacijskom jedinicom) u sklopu Ministarstva financija te uključenost ARPA-e u AFCOS mrežu.
Suradnja sa Središnjom harmonizacijskom jedinicom
Odnos između unutarnje revizije i Agencije za reviziju sustava provedbe programa EU proizlazi iz činjenice da i jedina i druga revizija revidiraju isti sustav. Međutim, s obzirom da se unutarnja revizija nalazi unutar sustava, odnosno u tijelima zaduženim za provedbu programa EU, a Agencija kao vanjska revizija izvan sustava, postoje razlike u djelokrugu njihova rada te u linijama izvješćivanja. Unutarnja revizija uspostavljena unutar tijela zaduženih za provedbu programa EU provodi reviziju onog dijela sustava i procesa koji se odvijaju unutar tog tijela. Agencija, prilikom procjene sustava upravljanja i kontrole, između ostalog procjenjuje, odnosno revidira i rad unutarnje revizije kao sastavnog dijela cjelokupnog sustava upravljanja i kontrola.
Uloga ARPA-e u AFCOS sustavu
Kako bi nadležna tijela, u slučaju prijavljene sumnje na prijevaru ili drugo koruptivno djelo, mogla pravodobno postupati, Odlukom Vlade Republike Hrvatske osnovana je AFCOS mreža kao element AFCOS sustava. Ako Služba za koordinaciju sustava za suzbijanje nepravilnosti i prijevara u korištenju fondova Europske unije smatra da je u konkretnom slučaju potrebno postupanje tijela iz AFCOS mreže, sazvat će sastanak sa svim predstavnicima tijela iz AFCOS mreže i osobom za nepravilnosti koja je podnijela izvješće o nepravilnosti, s ciljem utvrđivanja nadležnosti za postupanje u konkretnom slučaju. Trenutno, tijela u AFCOS mreži surađuju sa Službom. Kontinuirano se održavaju sastanci, ali nije definiran rok u kojem je potrebno poduzeti odgovarajuće radnje i izvijestiti Službu o postignutom napretku. U slučaju kada revizori ARPA-e tijekom obavljanja revizije primijete nepravilnost ili imaju sumnju u istu, prekidaju obavljanje predmetne revizije i o sumnji na nepravilnost ili prijevaru obavještavaju ravnatelja ARPA-e, koji o tome obavještava čelnika/ravnatelja provedbenog tijela.